低速冷凍離心機的操作看上去簡單，沒有技術含量，但按規定正確的使用還是很有必要，一旦發生故障，對實驗造成延誤，也是得不償失。低速冷凍離心機的基本操作流程如下：
1.把離心機放置于平面桌或平面臺上，四只橡膠機腳應堅實接觸平面，目測使之平衡，用手輕搖一下離心機，檢查離心機是否放置平穩。
2.打開門蓋，將離心管放入轉子體內，離心管必須成偶數對稱放入（離心管試液應稱量加入），注意把轉子體上的螺釘旋緊，并重新檢查試管是否對稱放入、螺釘是否旋緊。
3.關上門蓋，注意一定要使門蓋鎖緊，完畢用手檢查門蓋是否關緊。
4.插上電源插座，按下電源開關。
5.設置轉子號、轉速、溫度、時間。
6.離心機時間倒計時到“0”時，電機斷電，5秒鐘后開始剎車，離心機將自動停止，當轉速等于0 r/min時，蜂鳴器鳴叫15聲，按下“RCF”鍵可取消鳴叫；運行途中按“STOP”鍵，離心機停止運轉，蜂鳴器不響。
7.當轉子停轉后，打開門蓋取出離心管。
8.關斷電源開關，離心機斷電。
低速冷凍離心機在分離操作結束后的注意事項：
1.離心機不能用手助停：
分離結束后，應由離心機自停，不能用手助停，以免沉淀物泛起、損壞離心轉軸、碰傷人。
2.及時取出離心機轉子：
離心機使用完畢后，要及時從離心機腔內取出轉子，關閉電源。打開離心機上蓋，使離心腔的溫度升至室溫。另外，在其使用完畢后，若轉子一直放在離心腔里，時間長了轉子會卡死在離心軸上。為了取下轉子只能用力敲，這樣會嚴重損傷離心軸，甚至損壞離心機。因此分離結束后切記取下轉子。
3.離心機用畢后的保養：
及時清除離心腔內的污物，用柔軟棉布擦凈離心腔內的冷凝水分。
4.填寫離心機使用記錄：
每臺離心機都配備使用記錄本，登記使用者、分離樣品、轉速、使用時間和離心機工作有無異常等。
